Ca khúc chủ đề trong chương trình là "Sát cánh bên nhau" do ca nhạc sĩ Sỹ Luân trình bày.

Ngoài ra, trong suốt chương trình Hành khách cuối cùng còn có một nhạc hiệu khác được phát trước phần quảng cáo với những ca từ như: "Nào mình cùng lên xe buýt, nào mình cùng đi chơi nhé...". Đây chính là những lời ca được lấy cảm hứng từ ca khúc "Pump it up" do nam ca sỹ Danzel thể hiện. Nó được xem là một câu khẩu hiệu để cổ vũ cho tinh thần của các đội chơi, đồng thời cũng nói lên giải thưởng của chương trình. Với giai điệu quen thuộc, dễ nhớ, nên khi nhắc đến Hành khách cuối cùng người ta thường nghĩ ngay đến câu nói này, và ngược lại. Chính vì thế mà có lúc, một số người đã nhầm tưởng tên chương trình là "Nào mình cùng lên xe buýt".